氮肥容易挥发或者是随雨水流失，磷元素和钾元素容易被土壤固定，如果是在地表的话不容易被农作物的根系吸收，也不利于根系生长，遇到干旱的情况，而且肥料没办法溶解，效果更差，所以复合肥使用的时候应该尽可能的避免地表撒肥。而且复合肥含有两种或两种以上大量元素，氮表施易挥发损失或随雨水流失，磷、钾易被土壤固定，特别是磷在土壤中移动性小，施于地表不易被作物根系吸收利用，也不利于根系深扎，遇干旱情况肥料无法溶解，肥效更差，所以复合肥应深施覆土。

含硝酸根的复合肥，不要在叶菜类和水田里使用；含铵离子的复合肥，不宜在盐碱地上施用；含氯化钾或氯离子的复合肥不要在忌氯作物或盐碱地上使用；含硫酸钾的复合肥，不宜在水田和酸性土壤中施用。否则，将降低肥效，甚至毒害作物。

复合肥分解较慢，留意与单质氮肥配合使用。作物幼苗期需要氮肥量较少，因此，对播种时用复合肥做底肥的作物，应依据不同作物的需肥规律，在追肥时及时弥补氮肥，以满足作物营养需要。

复合肥浓度差别较大，应留意选择适宜的浓度，目前，多数复合肥是遵守某一区域泥土类型均匀养分情况和大宗农作物需肥比例配置而成。市场上有高、中，低浓度系列复合肥，通常低浓度总养分在25%-30%之间，中浓度在30%-40%之间，高浓度在40%以上。

要因地区、泥土、作物不同，选择使用经济，的复合肥。通常高浓度复合肥用在经济类作物上，品格优，残渣少，利用率高。